1) В Корзине добавить несколько полей для заполнения и чтобы они тоже на почту приходили
2) Тут же проблема следующая. При заказе и онлайн оплате, количество товара в админке не меняется. Хотелось бы, чтобы нельзя было заказать больше товара, чем есть в наличии. А при заказе уменьшалось количество товара в админке.
3) Сделать бесплатную доставку от 3000 руб.
Если можете просчитать по пунктам, что сколько будет примерно стоить, то был бы благодарен)
И еще сейчас напишу по другим решениям.

Необходимы доработки по решению №2.
есть заполненные курсы в модуле Обучение.
нужно просто реализовать удобную возможность их покупки и доступа к ним из личного кабинета. на сколько я понимаю можно сделать через покупку прав доступа к разделам сайта.

Чтобы можно было купить курс, это было удобно, а не как сейчас, а после покупки открывался раздел для прохождения этого курса онлайн через модуль и Обучение. Т.е по сути сделать удобной покупку прав доступа к разделам, где будут опубликованы курсы из модуля обучение.
Ну или может как-то по-другому проще сделать.
В общем, есть заполненные курсы в админке. 4 категории. И надо сделать так, чтобы их можно было купить пользователю и это было удобно. Купил - в личном кабинете появился к нему доступ.

Как онлайн товар, продажа прав групп пользователей, я так думал сделать

Тут только стандартый функционал Битрикса.

И к 1ому: надо еще добавить, чтоб в письме о заказе приходили фотографии и ссылка на товар